2002年，数码世界面临灭亡的危机！数码世界本是由究极天使兽、基路比兽及神圣天女兽三大天使所管治的，然而其中一位天使——基路比兽却叛变，这使得数码世界的平衡受到破坏，并开始崩溃…… 古代曾经拯救数码暴龙世界的十斗士现在已不存在。就在这危急关头，十斗士的斗士精神把新力量给予了另一个世界——现实世界的孩子…… 主角拓也等人，将进入数码世界，变身成数码暴龙，投入这场冒险与战斗的旅程！
五年前，大冢村一夜之间瘟疫流行，周围的村庄为了防止疫病蔓延，一把火烧毁了整个大冢村。 大冢村的三个孩子，犬冢信乃、犬川庄介以及滨路得以幸存。 三人被教会收养，并在别的村庄中过着平静的生活。 而在大冢村事件中获得了特殊的能力的信乃和庄介，则一直不明原因地被帝国教会总部寻找。 大冢村事件发生的五年后，终于寻觅到信乃与庄介踪迹的教会总部，为了引诱两人来帝都，竟然带走了滨路……
超星特工猪猪侠在上次的任务中留下了后遗症，但他坚持独自潜入海底世界执行新任务。在五彩缤纷的海底世界见识到各种各样的海底生物，结识了正在寻找哥哥的小豆芽，受小豆芽勇敢执着的精神所打动，猪猪侠决定帮助小豆芽，帮他一起寻找哥哥。原来海洋世界发生了一件不为人知的大事，导致大量海洋“居民”失踪。这件事并不简单，背后隐藏着一个危及海洋世界和平的大危机。猪猪侠这次要如何克服困难，突破自我，解除海洋大危机呢？
老是喜欢说心里话的真纪，因为这个习惯导致了他被上家公司开除后，去了开在居民区楼下的阳光咖啡厅面试工作。在那里遇到了有些中二的光头老板、视钱如命的四眼同事、头脑简单但充满友爱的大块头同事、以及特别记仇的阿扎莉。在这里，不单单只有他们，还有一些特别的顾客，大家一起快乐、一起成长，发生着各种眼泪与欢笑并存、感动且温暖人心的日常故事。
沉睡万年的辰南从神魔陵园醒来，在经历了一系列奇遇后名动四方。随着辰南来到央锦国遇到晨曦，新的冒险再次开启，在开元城大战、到死亡绝地寻找身世之谜、大战凌家只为求一个公正清明。在这一季，辰南会在探寻身世之谜的冒险当中不断搜寻雨馨的踪迹。
真新镇的少年年满10岁之后，就可以得到训练神奇宝贝的资格。10岁的少年小智（松本梨香 配音）以成为最厉害的神奇宝贝训练大师为目标，即将踏上了修行之旅。小智因为早上赖床迟到，险些失去挑选神奇宝贝的资格，无奈下他领走了一只被挑剩下的神奇宝贝——皮卡丘（大谷育江 配音）。皮卡丘又名电气鼠，虽然长相可爱，但性格含羞内向却又不亲近人类，稍有不满就乱放电电人，暴躁的脾气让小智吃尽了苦头。大木博士把神奇宝贝图和宝贝球作为践行礼物送给了小智。在小智和皮卡丘的前方，神奇宝贝的世界有许多谜题和探险在等着他们，迎接他们的到底是光明还是黑暗，小智能否如愿成为神奇宝贝大师呢？
由于父辈之间是好友，个性开朗粗犷的少年树多村光（入野自由 配音）和月岛若叶（神田朱未 配音）成为了青梅竹马的好友，两人间有着以甲子园为舞台的美好约定。没想到，11岁时，若叶不幸落水身亡，在悲痛之中，光将两人的梦想默默的埋藏在了心底。作为若叶的妹妹，青叶（户松遥 配音）所感受到的悲伤是他人的数倍，可是，从小就热衷于棒球运动的她选择了咬紧牙关，以实际行动来祭奠姐姐的去世。 转眼间，光升入了高中，为了完成和若叶的梦想，光加入了棒球队，没想到却被编入了毫无用武之地的“肥料组”。隔年，青叶也考入了同一所学校。在青叶的鼓励下，光和队友们开始了以甲子园为最终目标的严酷训练。只要不放弃棒球，我们就能够永远的在一起。只要我们能够聚在一起，那在角落里默默等待着的，代表着幸福的四片叶的三叶草，就绝对会有被发现的那一天。
结城新十郎（胜地凉 配音）是一名侦探，在得力助手因果（丰崎爱生 配音）的帮助下，破解了一个又一个神秘诡异的案件。从表面上看来，因果是一个俊俏的少年，但他的真身是一个能够吞噬灵魂的神秘女人。而所发生的一连串案件，似乎和因果特殊的能力脱不了干系。 新十郎的竞争对手海胜麟六（三木真一郎 配音），经常将父亲麟六的情报透露给新十郎的可爱少女梨江（山本希望 配音），强势能干的检察官虎山泉（本田贵子 配音），警察局课长速水星玄（入野自由 配音），一个又一个亦敌亦友的角色出现在了新十郎的周围，而在他们交织的背影之后，隐藏了一个惊人的秘密。
