狄仁杰（赵又廷 饰）大破神都龙王案后，高宗（盛鉴 饰）御赐神器亢龙锏，遭天后武则天（刘嘉玲 饰）嫉妒，天后为盗取亢龙锏陷害狄仁杰，召集了一帮会方术的“异人组”图谋不轨，并命令尉迟真金（冯绍峰 饰）带队。狄仁杰在医官沙陀忠（林更新 饰）的帮助下成功摆脱“异人组”迫害，并和尉迟真金商议和解，与此同时“异人组”刺客水月（马思纯 饰）却发现都城出现不明势力，在狄仁杰周旋于武则天的埋伏时，大唐陷入更深的危机，“封魔族”携异术登场，一场“屠魔”大战即将爆发……
相传，流传千年的古医秘针“鬼门十三针”正可救人于鬼门，邪可控人于傀儡，人人皆想得之，奈何它早已匿于江湖，无迹可寻。当世人逐渐遗忘“鬼门十三针”之时，一起诡异莫测的连环杀人案却牵扯出“鬼门十三针”，以及藏于它身后的鬼门秘派，案情愈发扑朔迷离。与此同时，曾因谋害恩师被逐出鬼门的宋敬之在调查连环杀人案时，莫名成为连环杀人案的凶手。面对种种铁证，宋敬之与幕后凶手展开了一场关乎生死和救赎的正义之战。危机时刻，一位毁容老妇认下所有罪名，螳螂捕蝉黄雀在后，亦真亦假，究竟谁才是真正的凶手？
张道荣（权相宇 饰）性格暴躁，是个喜欢用暴力解决事情的警察。因为调查案情的关系，他需要与检察官吴镇宇（刘智泰 饰）合作，镇宇则是个理智灵敏的人，两个性格迥异的人要携手破案了。 案件揭发出了很多组织之间的明争暗斗。当中也牵涉到黑社会老大愈江镇（孙秉浩 饰），这名老大正想涉足政治。随着案件的深入，愈江镇竟然把毒手伸向了张道荣的家人，更要求张道荣跟镇宇停止调查。 生命随时受到威胁，两名男人也发挥出了自己的本能。
大金使节达哈苏出使大明以求两国平和，六扇门接到使命护卫。却不料达哈苏抵达后，其副手俄然发问，里应外合占据了六扇门，目的是要杀死达哈苏，挑起两国战役。面临沦亡，同门惨遭屠杀，玄武小组打开拼死的激战。
在Cho的家人被忍者杀害后，他决定带着儿子Kane到美国展开新生活。在朋友布莱登的建议下，他出售所有的古董，从忍者身份退休。没料到，布莱登却是专门把海洛因藏在古董里走私的忍者。Cho体认到即使美国这样的“梦想国度”，也藏着不少人面兽心的怪物，但要终结这种恶行，只有靠忍者的方法才会成功。
「超能力開發研究所」突然遭到無數不明生命體的攻擊，研究所已經完全被破壞殆盡。混亂中，原本在研究所中被實驗的超能力者小雷(10歲)與紗綾香(12歲)趁隙逃了出來。數月之後，不明生命體的政擊再度出現，這次的目標竟然是紗綾香，翔一聞訊之後立即變身為假面騎士顎門，與G3-X一同前住救援。突然間，G4出現了，他的出現讓眾人非常驚訝。因為在兩個月前，G4的藍圖被盜，它的力量強大，但是穿戴它的人往往受不了而致命，到底是誰偷走G4後又製造它？不明生命體的攻擊到底來自何方？假面騎士顎門，G3-X，G4與不明生命體之間的戰爭即將開打！！
