沉睡万年的辰南从神魔陵园醒来，在经历了一系列奇遇后名动四方。随着辰南来到央锦国遇到晨曦，新的冒险再次开启，在开元城大战、到死亡绝地寻找身世之谜、大战凌家只为求一个公正清明。在这一季，辰南会在探寻身世之谜的冒险当中不断搜寻雨馨的踪迹。
故事发生在神世纪300年，主要讲述结城友奈是初中2年级学生，她天天在学校里过着与很多朋友一同听课、进行社团活动、玩耍的平稳生活。不管怎么看这都是非常普通的女孩的生活日程，但是只有一点与其他孩子决定性不同的地方，那就是她所属的名为“勇者部”的社团活动。以部长犬吠埼风为中心的该社团的活动内容与被谜团包围的叫做Vertex的不可思议的存在有关系，本作正是以描写友奈等人的“勇者部”的活动为主。
周防勇斗（酒井广大 配音）是一个普通的中学二年级学生，不久之前，他的母亲过世了，勇斗因此和父亲之间产生了巨大的误会。一次偶然中，勇斗被传送到了名为“攸格多拉西尔”的异世界中，这个世界正处于战乱年代，各族纷争不断，都在争夺着统治者的宝座。勇斗凭借着自己在现代世界学到的铸铁知识取得了狼族人的信任和认可，一跃成为了领袖人物。 成熟稳重但有着意外孩子气一面的菲丽希亚（末柄里惠 配音）、对待任何人都十分冷淡的吉可露妮（伊达朱里纱 配音）、聪明可靠的工坊主人茵格莉特（河濑茉希 配音），围绕在勇斗周围的，是这些骁勇善战的女武神们。
2069年，超智能电脑利用合成体僵傀控制世界，遭到人类的抵抗，为了统治世界并管理人类，超智能电脑派遣无间妖与众僵傀回到2016年，收集人类的精神信息码，提供给超智能电脑。被夺走精神信息码的人，变得毫无情感，如行尸走肉一般，人类社会惨遭涂炭。受害者苏筱筱失去记忆，流浪在城市中。充满热情、相信只要通过努力定会成功的信一，决心帮助苏筱筱找回记忆。寻找记忆过程中，他们不断受到僵傀的袭击。信一得到捕将铠甲系统，在好友志凯等人的帮助下，信一合体为捕将铠甲，痛击僵傀。在危急时刻，又出现神秘的捕将铠甲帮助信一。线索显示，原来僵傀和霸王集团有着千丝万缕的关系，苏筱筱的身世也指向霸王集团。信一面对诸多邪恶力量，一直坚持正义的信念，燃烧不尽的热情，最终消灭了整个邪恶势力，破解了重大的阴谋
