高中二年级的春天，雨宫莲转学至东京的“秀尽学园”。以某个事件为契机觉醒为“PERSONA”使者的莲，与新认识的伙伴们一同组成“心之怪盗团”。把沾满邪恶欲望的大人们的“扭曲欲望”给偷走，让其改过自新。另一方面，在城市中陆续发生了不可思议的精神暴走事件…… 以大都会“东京”为舞台，作为高中生过着日常生活的同时，放学后作为“心之怪盗团”活跃——。壮大的歹徒传奇就此拉开序幕！
“我对普通的人类没有兴趣。你们之中要是有外星人、未来人、异世界来的人、超能力者，就尽管来找我吧！以上。”这位就是在开学的自我介绍中，发言惊爆的凉宫春日。对于平淡无聊的日常生活无法忍受的她，创立了一个不可思议的社团——让世界变得更热闹的凉宫春日的团，通称SOS团。 虽然同班同学阿虚、寡言读书少女长门有希、萌萌学姐朝比奈实玖瑠、神秘转校生古泉一树等人都被她牵扯进来，但是阿虚以外的三人却有着凉宫春日不知道的大秘密。
人声鼎沸的赛场中，正在进行一场激烈的男女混合双打比赛。虽然结果早已内定，但是男组一方的面具男M意外击败女组。为了避免老板追杀，他和搭档落荒而逃，临行之际还不忘捎上心仪的对手S女士的玩具人偶。趁着夜色，他回到了从小生长的孤儿院。所谓孤儿院实际就是岌岌可危的破屋子，由好心的修女经营。面具男与孩子们快乐玩耍，同时见到了新来的美丽年轻修女。孤儿院愈加简陋，继续修缮，而丢掉工作的面具男却无计可施。就在此时，他接到老板打来的电话，原来S女士向他发起挑战，两人即将进行一场无规则大赛，获胜者将得到五千万日元的奖金。 为了给孩子们修房子，当然也为了见到梦寐以求的S女士，面具男M再度登上擂台……
曾几何时，智利恶名昭彰的异端组织「尊严殖民地」，由一名恋童的前纳粹份子发起，建立了如同邪教的封闭社区，当中的德国移民，与皮诺切特独裁政权合作， 犯下种种令人发指的罪行。哥西尼亚和里昂合作的定格动画，灵感来自此组织。女孩玛利亚没服从命令，放走了三只小猪，被罚百日不能与人 说话，于是连夜逃跑，走进森林小屋，躲避狼的袭击。不停变动的场景，墙上移动的角色，犹如史云梅耶的天马行空，表现女孩挥之不去的梦魇世界，充满魔幻色彩。
在赌上学校存续的大学选拔队战役中胜利後，大洗女子学园战车道成员终於能好好享受和平悠闲的冬季。迎接三年级生毕业典礼的到来，包含学生会改选与新执行部门的动作，学校开始发生些微的变化。有一天，一场骚动来访少女们。为了下一波难题与困难，战车道成员们再次挺身而出迎接挑战。
突然出现的“鬼兽”以压倒性的力量开始攻击人类，城市被摧毁，绝望笼罩着人们，在所有人都快要放弃的时候，有一个影子迎战鬼兽！“你们这些家伙，惹到我了！！”人类面前出现了一丝希望，那竟然是一只鸡！
