一切都由一本科幻小说引起。小说家杨匡（刘兆铭 饰）的科幻小说里描述了一种改造新人类的方法，那就是抽取人类的脑细胞，加以改造，以此甚至能控制被改造者的思想。这一切看似荒诞的想法，竟被一个阴谋控制全世界的富商看中。他出资建立了实验室，招募了一批手下，将杨匡捉了去做实验。后来，杨匡逃了出来，被人送到医院。医生原振侠（黎明 饰）武功高强，为人正义，他发现杨匡十分沉默寡言，目光呆滞，经常用水清洗双手。杨匡的反常的表现引起了原振侠的注意，他和护士彩云（朱茵 饰）决心找出杨匡背后隐藏的秘密。
故事发生在孝宗年间，锦衣卫兰海平撞破了奸妃狸猫换太子的诡计，他带走了刚刚出生的小公主，并且顺手盗走了宫中珍藏的归元秘笈。兰海平带着妻女和小公主隐居在括苍山上，苦心钻研秘籍，他给小公主取名白云飞（麦丽虹 饰）。 一次意外中，马君武（邓浩光 饰）结识了苏飞凤（翁虹 饰）与曹雄（林祖辉 饰），苏飞凤被马君武的英俊和正直所吸引，芳心暗许。一直觊觎苏飞凤美貌的曹雄将她的心思看在眼里，心中很是愤怒。失传已久的归元秘籍重现江湖的消息在武林中掀起了轩然大波，而这阴谋背后的主使者就是当年被兰海平打落山崖的林天独，他早已经练就了一身走火入魔的武功，只想要大开杀戒，称霸武林。
嘉庆年间，皇上与皇后前往热河行宫避暑，并许诺归来后将于中秋佳节之季晋如妃（邓萃雯饰）为贵妃。然而此时宫外却疯传对如妃不利的传言，靠在宫中打听消息取利的撷芳殿奶娘湘菱（蔡少芬 饰）和公公马新满（韦家雄 饰）等人亦卷入其中。而这一切却是如妃的妹妹，也就是年少守寡的淳太妃（伍咏薇 饰）所为。如妃听之任之，只愿有朝一日能解开心结。并暗中笼络亲生孩儿五阿哥的奶娘湘菱和太医杨梓轩（曹永廉 饰）一齐照顾五阿哥，以保守钮祜禄一族的秘密。为讨淳太妃欢心，如妃要求南府在戏单上加唱一曲《牡丹亭》。手忙脚乱之际，公公马新满只得让在府中教戏的章和班代为上台。却不料京中名伶高流斐（陈豪 饰）一唱成名，宫中女子多芳心暗许，如一粒石子投入紫禁城平静的湖心。 本剧为《金枝欲孽》第二部，讲述另一个时空的后宫风云。
殷赏（毛舜筠 饰）曾经和杂志社的主管贾素珊（金燕玲 饰）有过一段并不愉快的过去，如今，殷赏成为了杂志社的主编，这让两人的关系产生了巨大的转变。闫汝大（欧锦棠 饰）是殷赏的前夫，两人尽管在感情上有缘无分，却在事业上藕断丝连。与此同时，闫汝大亦要同诡计多端的妹妹王丽薇（郭少芸 饰）斗智斗勇。 一场意外中，闫汝大的好友余家升（黎耀祥 饰）不幸失忆，王丽薇得知此事，将失忆的余家升收入了麾下，这让她同闫汝大之间的斗争变得更加激烈起来，亦将闫汝大置于了两难的境地之中。随着时间的推移，余家升竟然对殷赏渐生情愫，而殷赏和闫汝大之间的故事却还并没有结束。
故事开始于1949年，程瑞祥（岳华 饰）带着妻子林丽卿（梁淑庄 饰）从大陆逃亡香港，迫于生计，程瑞祥竟然将妻子卖给他人。之后，满心愧疚和后悔的程瑞祥结识了赵大年（良鸣 饰）和车月亭（平凡 饰）等人，一场意外中，赵大年因触犯法律而被发配帝汶岛，他将自己的儿子振鹏（刘志荣 饰）托付给了程瑞祥抚养。之后，程瑞祥的事业逐渐红火，后与郑带好（周慧娟 饰）结为夫妻，总算在香港站稳了脚跟。 然而，程瑞祥的内心里一直都没有忘记过林丽卿，最终，无法忍受良心谴责的他还是离开了现在的妻子，与重逢的林丽卿再婚了。这一选择导致程瑞祥的事业一落千丈。
书生张君瑞（吴卓羲 饰）和相府千金崔莺莺（叶璇 饰）的丫鬟红娘（胡杏儿 饰）在元宵灯会上分别捡到半边鸳鸯扣，可惜有情人一直不知。而张君瑞在灯会上展示的过人文才倾倒了崔莺莺，红娘亦对他颇有好感。随后一次偶然机会，君瑞碰上贼人意图掳走崔莺莺，舍命相救终于保存了莺莺的名节，崔相国应承了讲莺莺许配给君瑞。岂料相国夫人看不起君瑞的出身，坚持要君瑞考取功名后方可迎娶莺莺，于是，君瑞住进了西厢，努力读书等待考期来临。 另一方面，当今皇帝唐德宗化妆成富家公子王文彬四周游玩，碰见恶劣崔莺莺，为她的美貌倾倒，于是想尽办法接近莺莺，并想方设法逗她开心。莺莺开始觉得王文彬十分无聊，但通过接触渐渐喜欢上了他。红娘在和君瑞接触中亦渐渐喜欢上了他，这一段四角恋爱最终能否皆大欢喜？
修心养性的楚留香（苗侨伟），与三位红粉知己避居世外。但楚留香静极思动，又刚值好友左轻侯生辰，遂藉此再度重出俗世，与三美到左家祝贺.到左家后，发生怪事连篇，原来左家独女恋上世仇薛家之子薛斌，两人竟诈死以调解两家的宿怨。此事被楚留香查悉，为成其好事，就暗中给多他们帮助。可惜此事恰巧给桑小靖(翁美玲)知悉，并无意间泄露给左轻侯知道，惹得左轻侯错手误杀女儿，薛斌殉情自尽。而楚留香亦因插手此事，涉嫌盗取薛家宝剑，及被江湖中人误会他杀死武林名人，几遭杀身之祸。 及后，楚留香再遇好友中原一点红(惠天赐)，几悉一点红的妻子被一个以蝙蝠公子为首的神秘组织所杀，以期中原一点重出江湖为之效命。楚留香有见及此，为己为人，决定追查真相。其实蝙蝠公子乃原随云(任达华)的化身。他本有一段耐人寻味的身世，他之所以组织蝙蝠宫，亦有原委。最后，当楚留香洞悉一切后，与原随云唯有作一场生死决斗。
豪门丘氏素来以重男轻女闻名，众所周知丘家产业会由第三代唯一的男孙丘智斌（罗子溢 饰）继承。丘老太爷因中风昏迷，一纸由其亲笔签署的委托书震惊众人：他竟然委托长孙女丘皓儿（佘诗曼 饰）代他执行集团主席一职。但这份委托书并没有把丘皓儿送往权力的高峰，而是推入了风暴的中心。
袁熙阵亡，遗留下了还与之成亲的甄宓（蔡少芬 饰），意外为曹植（马浚伟 饰）救于曹丕（陈豪 饰）的剑下。甄宓是出了名的才貌双全，更被誉为当世三大美人之一。曹操垂怜于她的美色，以是故人后代为由接到府中代为照顾，企图日久生情纳为妾室，后被聪明机智的甄宓以英雄长辈的称呼婉拒。而曹操儿子众多，尤为出众的当属长子曹丕和才子曹植。二兄弟都暗自倾心于甄宓，原本亲密无间的兄弟情谊因此渐生狭缝。而甄宓则是早为曹植的才情吸引，对曹植芳心暗许。而后的机缘错过让甄宓嫁与了后来称帝的曹丕，而痛不欲生的曹植则放任自己，更是作出千古佳作《洛神赋》来表达对甄宓的感情。但生性多疑善妒的曹丕百般刁难二人，一段佳话就此无缘，以悲剧告终…
上天几乎将所有面相缺陷都集中在了文萃（容祖儿 饰）身上，由此她经常被人嘲笑，但她并不介怀，认为只要努力进取，就能获得大家都认可。文萃在一间公关公司工作，本来做公关面容就十分重要，因次文萃在公司更是经常被同事嘲笑。文萃在公司默默耕耘了十年，凭着过人的毅力这日终于获得上司美达的晋升批准，但是接下来却祸从天降。公司被收购了，新进驻的上司少哲（郭晋安 饰）居心险恶、讨厌丑人，他决定清除公司所有丑女。于是，文萃在其手下受尽蹂躏，更令文萃伤心的是，昔日的她真心对待的同事们、好上司美达都倒戈相向，无奈之下她只能离开了公司。 与此同时，连番打击接踵而来，文萃终于崩溃。在一次手术后文萃得了并发症陷入昏迷，昏迷中，死不瞑目的文萃用尽全力和上天讲数，而最终天神答应给她一个重返人间并变得美丽的机会，条件就是要她帮少哲完成心愿，文萃答应了。一觉醒来，文萃发现自己真的变了一个美女！
康天任（刘松仁 饰）早年丧妻，独自抚养着儿子康世熙，既当爹又当妈，康天任的日子虽然过得辛苦，但只要能跟儿子相依为命，便终究还是快乐的。之后，康天任娶了名为黄德荞（苏玉华 饰）的女子，就这样，康世熙有了新的妈妈。令康天任没有想到的是，黄德荞一家人都不是省油的灯，他的辛苦日子不知何时才能到头。 随着时间的流逝，康世熙渐渐长大，父亲的溺爱让他养成了桀骜不驯的放浪性格，一次偶然中，他和名叫高芬（梁靖琪 饰）的女大学生有了一段露水情缘，没想到后者竟然怀上的康世熙的孩子，这让康天任十分烦恼。最终，康世熙决定和高芬结婚，但在这段感情中，康天任俨然成为了“恶人”。
高志朗（李克勤 饰）是一个高傲自负的律师，加入了新律师行准备大展拳脚。这个律师行有2个资深律师，一个是美丽能干的陈小玲（吴绮莉 饰），和其貌不扬却善良聪明的杨明（谢天华饰）。沈学仪（郭可盈 饰）是一个师爷，她一边上学一边研究案例，准备学成后打官司要回自己的孩子。原来五年前她被丈夫抛弃，儿子也被丈夫带走，从此杳无音讯。她看不惯高志朗只贪图金钱却不顾道德的做事方法，更因为高志朗就是当年导致儿子被判给丈夫的律师，对其冷言冷语嘲讽不已。 小玲的恋情告吹后内心寂寞，渐渐被正直的杨明吸引，一次酒后二人发生一夜情。杨明误以为小玲是可怜自己，一直拒绝她的表白。然而在官司里二人的合作无间，小玲在某次案件的结案陈词里借机表达了自己对杨明的真情意。 在与沈学仪的相处中，高志朗渐渐被她的关怀、热情与正义感所吸引，决定帮助学仪打官司取回儿子的抚养权。
李恩朗（胡鸿钧 饰）是一个再平凡不过的年轻人，他和赵卓颖（刘佩玥 饰）相识相知相恋最终携手步入婚姻的殿堂。李恩朗每天朝九晚五上班下班雷打不动，离开公司便返回家中和爱妻共度温馨的两人世界，从未有过变故。两人的婚姻虽然平淡反复，却令两人感到深深的满足和享受。 圣诞节将至，李恩朗带着妻子前往商场，想选购一些圣诞节的礼物，然而意外发生了，和蔼可亲的圣诞老人忽然露出狰狞的面目，掳走了赵卓颖。劫匪说李恩朗私吞了一大笔钱财，让他在七十二小时内必须交还，不然就要了结赵卓颖的性命，面对这天方夜谭一样的剧情，向来胆小怕事的李恩朗会如何反应呢？
