不久的将来，一名警官专门研究出故障的机器人。当一个机器人被编程用来杀人时，他开始揭露一个制造杀人机器人的杀人阴谋...他的儿子成了目标。
故事发生在第一部的四年之后，此时特警K（汤姆•李•琼斯 饰）已经退休，成为一名普通的邮局局长，而J（威尔•史密斯 饰）则继续从事MIB的工作。 卡洛瑟星邪恶女王蛇莲娜来到地球需找宇宙能量“萨塔之星”，占领了MIB的总部。而当年逃亡到地球的萨塔公主萝娜曾请求MIB把 “萨塔之星”藏在地球，全面负责这件事情的K为了地球的安全，拒绝了她。 面对来势汹汹的蛇莲娜，MIB派J去寻找k，调查当年事件的真相，怎样说服失去记忆的K相信外星人的存在，成了J面临的第一个难题……
泛消费公司已完全掌控了底特律市之后，与日本金光财团合作组建OCP，在底特律开发三角洲城，并招揽雇佣兵组成暴力改建队，驱逐居民，相当数量的拆迁地居民为捍卫家园组成武装力量反抗财阀的不义计划，女童妮科（Remy Ryan Hernandez 饰）凭借高超的电脑技术在反抗军中表现抢眼。机器战警墨菲（Robert John Burke 饰）与老搭档路易斯执行任务期间偶然发现了居民们的藏身地点，出于正义感，墨菲同随后赶到的改建队交火，机体损坏严重，路易斯不幸身亡，墨菲决定加入反抗军。同时日本方面为执行拆迁计划派出特工忍者雄志，改建队头目亦利用反抗军中的叛徒查到了反抗总部。在妮科的帮助下，墨菲被拉瑟斯博士整修完备，汇同不齿改建队暴力行径而选择站到居民一边的底特律警察们，同雄志、改建队展开最后决战。
纽约市一场灾难性的核爆炸后，乔什（米洛·文提米利亚 Milo Ventimiglia 饰）、米奇（迈克尔·比恩 Michael Biehn 饰）、玛丽琳（罗姗娜·阿奎特 Rosanna Arquette 饰）、萨姆（罗姗娜·阿奎特 Rosanna Arquette 饰）、达尔文（考特尼·万斯 Courtney B. Vance 饰）、伊娃（劳伦·日尔曼 Lauren German 饰）、艾德里安（阿什顿·霍尔莫斯 Ashton Holmes 饰）、波比（迈克尔·艾克朗德 Michael Eklund 饰）这8个陌生人躲进了一座公寓大楼的地下室中。突然一群身着核生化防护服的武装人员出现，掳走了幸存者中的小女孩并准备要杀死剩下的所有人，幸存者们反抗并杀死了武装人员。但地下室的大门被武装人员从外面封死了，人们被困在了地下室中。随着时间的流逝，幽闭恐惧症让这次从避难所变成了牢笼人们开始绝望，已经开始心理扭曲，做出了一些常人难以想象的的事……
一个希腊渔民救起了一位公主，原来她是来自科技高度发达的亚特兰蒂斯，并送其返回祖国，希望能够得到奖赏，然而却被囚禁，成为劳工。 国王被一个邪恶的巫师操纵，企图使用亚特兰蒂斯的某种自然资源来征服世界。亚特兰蒂斯人，确切地说是亚特兰蒂斯的奴隶，被迫开采一种能够吸收太阳射线的水晶矿物，制造出可以发射热线的武器。由于腐朽和道德沦丧，国家已经处于毁灭前夕。 疯狂科学家在实验室里将奴隶变成怪物，男主角为了争取自由，不得不在观众们的欢呼下与巨人搏斗，最后通过智取战胜了巨人。 大毁灭即将到来，鸟兽纷纷逃离，在一个仁慈友善灵性高尚的大祭司的帮助下，男主角从巫师的魔咒中救出了公主，并在亚特兰蒂斯最后的大毁灭前逃脱。 大祭司与巫师搏斗之时，水晶武器失去控制，最终将二人一同摧毁。地震，海啸，火山，幸存者逃至世界其他地方，用神话将亚特兰蒂斯的故事流传下去。
一个南方海岛上的王子因涉嫌谋杀而被小刀贯心处死，尸体被装进一副树桩埋进地下。但是，由于岛上存在辐射，王子和树桩融合成怪兽，并开始向指控他谋杀的人复仇……
查理的前妻失踪了，于是他去了她长大的地方，一个位于西部的乡村城镇寻找她。 但是，令人惊讶的是，没有人知道她或她亲戚的所在。 然后他又遇到外星人，但是当他联系联邦调查局时，并没有人相信他。 他只好将故事登报，并随即受到了外星人的追杀。
上集中异形并没有被消灭掉，她又回来了，变得更加的强大，这次的主角轮到别克的女儿朱丽娅了，她和另一个伙伴要继续面对新的挑战了
倒叙，科学家安德烈（大卫·海迪生 David Hedison饰）的美貌妻子海琳（帕特丽夏·欧文斯 Patricia Owens饰）打来电话，向安德烈的弟弟弗朗索瓦（文森特·普莱斯 Vincent Price饰）求助。她向弗朗索瓦和警探坦白，自己刚刚杀害了丈夫安德烈。案发前，安德烈痴迷研发他的时空交错机器，这个机器能够将人体分解传输到另一个地方再重组。可他万万没有想到的是：正在他埋头实验的时候，一只闯进来的丑陋苍蝇飞进了机器…… 这部由二十世纪福克斯公司于1958年推出的低成本科幻片《苍蝇》，可谓史上经典“变蝇人”的开山鼻祖。二十世纪福克斯公司相继推出1959年的《变蝇人回归》和1965年的《苍蝇的诅咒》。此后“苍蝇热”一发不可收拾，影响了八十年代的同类电影：1986年翻拍的《变蝇人》更加注重恐怖视觉的处理，荣获奥斯卡最佳化妆奖，而在1989年推出《变蝇人2》接力演绎“苍蝇热”。
1903年，在康沃尔郡，一群当地人发现一个水下城市，其历史可以追溯到1803年，它隐藏走私和水生生物的社会......
