黄飞鸿（李连杰 饰），十三姨（关之琳 饰）和鬼脚七（熊欣欣 饰）三人远赴美国旧金山，只因一年前牙擦苏（陈国邦 饰）在美国开设宝芝林至今终于扎下了脚跟。黄飞鸿于路搭救了落难的美国快枪手比利（Jeff Wolfe 饰），不想他们的旅队被林中埋伏的印第安人冲散，黄飞鸿为救十三姨落入湍急河流，头部受撞击后下落不明。十三姨和鬼脚七被人救起送至宝芝林，牙擦苏得见二人大喜过望，为这华工颇受镇长欺侮的小镇生活增添了生机。比利因出众的枪法受雇为助理治安官，对华人颇有好感的比利凭一己之力予以华工帮助。失去记忆的黄飞鸿被印第安人部落收留，因十三姨坚持不懈的寻找二人终于团聚。与此同时，镇长与匪帮勾结为自己牟取暴利，事发后撇开匪帮导致后者大举报复，被镇长栽赃的黄飞鸿挺身而出，大战西部群匪……
明中叶，东西两厂明争暗斗不断。东厂曹公公手下养了三大高手，分别是孟星魂（梁朝伟饰）、高老大（杨紫琼饰）、叶翔（甄子丹饰）三大高手，亦有小王爷（林志颖饰）帮忙。高老大经营快活林，孟星魂与叶翔皆是其从小养大的结拜弟弟，三人亲如手足。叶翔暗恋大姐，大姐却对孟星魂情有独钟。孟星魂与八卦门掌门之女小蝶（王祖贤饰）是爱侣，小蝶亦已怀有孟之骨肉。四人面对纠缠的感情痛苦不已，而此时孟星魂亦与高大姐接下刺杀孙玉函（徐锦江饰），将西厂李公公控制下的聚贤山庄一网打尽的任务。到底任务能否完成？而四人的感情又将何去何从？
洛阳花会期间三名武林名士神秘死亡，李少白前去查案。之后查出“牡丹使者”与嵇善德为争名向各派弟子下毒手，李少白等人将嵇善德杀死后发现背后仍然有夜叉组织的黑手。
第三部电影是在1994年拍摄的，这意味着它是第二部电影的前传。几个世纪前，他深爱的妻子希瑟去世后，康纳·麦克劳德离开苏格兰高地，在世界各地流浪。最后，他到达了日本，在那里他遇见了著名的巫师中野，他也是一名仙人。不久，他们成为了朋友，中野教授了一些技巧。但有一天，一个宿敌，凯恩来到日本，他愿意找到中野的洞穴并杀死他。虽然他成功了，但在切断了中野的头颅后，山塌了，凯恩被困住了。现在，几个世纪过去了，一场挖掘揭示了这一点。
清雍正年间，少林寺接连出现离奇命案，数名弟子神秘死亡，少林三十六代和三十七代掌门也相继被害，康熙御赐的墨玉香炉被盗，所有疑点都指向俗家弟子雷鹏飞（黄家达）。雍正帝（江南）欲借题发挥，命玉格格（龙君儿）前往少林逼少林交出盗宝者，现任掌门圆慧（鲁平）只得答应若限期内查不出凶手就焚寺自尽。雷鹏飞在师祖田智（张翼）和女俗家弟子柳芝兰（上官灵凤）的协助下查出了真凶圆慧，但是似乎圆慧背后还有一个人……
